中国科学院上海巴斯德研究所（以下简称研究所）成立于2004年10月11日，是中国科学院直属事业单位。 

　　研究所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大感染性疾病的致病机制等关键科学问题，以病原发现、病原与宿主互作及应对技术为着力点，着力推动病原学、免疫学和疫苗学等学科创新与发展，为传染病防控提供科技支撑和解决方案。 

　　研究所设有中科院分子病毒与免疫重点实验室，微生物、发育与健康研究中心等学术单元，现有研究组32个。设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士和硕士研究生培养点。  

　　研究所支撑部门包括公共技术服务中心、条件保障中心、生物安全政策研究中心等，行政管理部门包括党政办公室（行政办公室、党委办公室、纪监审办公室合署办公）、科技发展与合作处（含国际合作办公室）、人事教育处（含研究生工作办公室）、财务处、综合管理处。  

　　截至2022年8月，研究所在职职工146人，博士后29人（含联培博士后5人）。其中正高级专业技术岗位35人、副高级专业技术岗位22人，外籍职工、博士后占8.6%。