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发展历程
  

  2004年1月     签署合作意向书
    2004年1月28日,在中国国家主席胡锦涛和法国总理拉法兰的见证下,中国科学院副院长陈竺和法国巴斯德研究所所长菲利普· 库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。
   2004年3月-8月     谈判合作协议
  2004年3月,法国代表团访问中科院  2004年5月,中科院代表团访问巴斯德所
  2004年8月     签署合作总协议
    2004年8月30日,中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议,中国科学院副院长陈竺、上海市副市长严售琪和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基出席了签字仪式。
  2004年10月     举行揭牌仪式
     2004年10月11日,中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式,法国总统希拉克、中科院副院长.陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。
 2005年7月   研究组进驻科研大楼
    经过专家委员会严格选拔, 2005年7月,第一批4名科学家被聘任为研究组长,并正式在上海巴斯德所建立实验室。
 2009年4月 上海巴斯德所病原诊断中心、疫苗研发分中心揭牌
     2009年4月28日,上海巴斯德所病原诊断中心、疫苗研发分中心揭牌成立。
  2011年2月    中科院分子病毒与免疫重点实验室揭牌
     2011年2月25日,中科院分子病毒与免疫重点实验室在上.海巴斯德所揭牌成立。
  2013年4月      新科研大楼启用
    2013年4月26日, 上海巴斯德研究所新科研大楼建成启用,法国总统奥朗德、中国科学院副院长张亚平、上海市,常务副市长屠光紹为落成启用的科研大楼揭牌。
  2017年12月    中科院上海巴斯德研究所麒麟创新研究院成立
    2017年12月,中国科学院上海巴斯德研究所与南京市麒麟科创园共建“中科院上海巴斯德研究所麒麟创新研究院” (以下简称创研院)。2018年1月,创研院已完成地方法人注册,人才和项目的引进工作已正式启动。