中国科学院价值理念(科学、民主、爱国、奉献；唯实、求真、协力、创新)，和"巴斯德理念"(高水平研究、积极参与公共卫生健康事业、致力于教育培训)指导上海巴斯德所的行动和伦理准则，满足公共健康的需求。
 
　　上海巴斯德所通过研究、参与公共卫生健康事业、教育培训致力于为传染病预防和治疗做出贡献。重点开展以下活动： 
　　-传染性疾病特别是重大病毒性传染病的研究(艾滋病、呼吸性疾病包括SARS和禽流感、乙肝和丙肝、脑炎等) 
　　-积极参与公共卫生健康事业，通过高水平研究为完善高效流行病监测体系和新生病毒鉴定做出贡献。 
　　-搭建生物技术平台，为发展传染病诊断、疫苗和治疗药物服务。 
　　-针对传染病和传染病预防与控制的培训和教育 
　　-将来开展技术转让，将研究成果转化为应用，服务于科研，包括建立企业孵化器，根据需要提供各种技术服务。

　　上海巴斯德所致力于成为传染性疾病领域具有国际先进水平的研究机构。上海巴斯德所的研究重点首先是与中国密切相关的疾病，如艾滋病,SARS, 流感、乙肝病毒和丙肝病毒引起的肝炎、以及人畜共患病，如对人类健康和生命威胁最大的禽流感和日本脑炎。上海巴斯德所在病毒的基础和应用研究方面已经取得重要进展，为其在新生病毒性疾病及其治疗和预防领域成为先进水平的研究中心奠定了基础。在急性呼吸性疾病研究领域，由法国巴斯德研究所协调的一个亚太地区国际合作研究联盟已见成效。2006年末，我们启动了肝炎和其他肿瘤病毒的项目，开展新的艾滋病研究项目将成为未来几年工作的重点之一。