2004年1月28日　签署合作意向书
2004年1月8日，在中国国2家主席胡锦涛和法国总理拉法兰的见证下，中国科学院副院长陈竺和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。
2004年3月-8月　　谈判合作协议
2004年3月，法国代表团访问中科院	2004年5月，中科院代表团访问巴斯德所
2004年8月30日　　　签署合作总协议
2004年8月30日，中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议，中国科学院副院长陈竺、上海市副市长严隽琪和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基出席了签字仪式。
2004年10月11日　　举行揭牌仪式
2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式，法国总统希拉克、中科院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。
2005年7月　　研究组进驻科研大楼
经过专家委员会严格选拔，2005年7月，第一批4名科学家被聘任为研究组长，并正式在上海巴斯德所建立实验室。