站内搜索:
联系我们 | 网站地图 | English | 中国科学院  

新闻动态

 
 您现在的位置:首页>新闻动态>综合新闻
上海巴斯德所揭示卡波氏肉瘤组织中KSHV基因组的表观遗传全景图
2017-02-07 11:02:00 来源: 打印 关闭

  124日,国际重要学术期刊PLOS Pathogens发表了中科院上海巴斯德所蓝柯研究组题为“Epigenetic landscape of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus genome in classic Kaposi's sarcoma tissues”的研究论文。

  卡波氏肉瘤相关疱疹病毒(Kaposi's sarcoma associated herpesvirus, KSHV)属于Gamma疱疹病毒家族,与人类卡波氏肉瘤(Kaposi's sarcoma, KS)、原发性渗出性淋巴瘤(Primary effusion lymphoma, PEL)及多中心卡斯特曼病(Multicentric Castleman Disease, MCD)等恶性肿瘤的发生密切相关。KSHV是双链DNA病毒,其基因组较大(约170kb),编码超过90个病毒基因,其生命周期中表现出潜伏感染和裂解复制两种截然不同的状态。在潜伏感染过程中,绝大部分病毒基因沉默,仅少部分病毒基因表达。KSHV如何建立和维持潜伏感染状态的机制尚未完全阐明。表观遗传修饰被认为与病毒基因的表达调控紧密相关。在既往的研究中,通过测定体外培养的KSHV阳性的PEL细胞系中病毒基因组的表观遗传状态,研究人员建立了KSHV基因组的表观遗传图谱,但临床病理生理条件下病毒的表观遗传状态仍然未知。已有研究报道KSKSHV潜伏态的基因表达模式与PEL并不完全相同,而KS缺乏可以代表其特征的稳定保持病毒基因组的细胞系,所以直接测定KS组织中病毒基因组的表观遗传状态显得十分重要。 

  在蓝柯研究员的指导下,助理研究员孙锐建立了可以直接使用临床KS标本进行染色质免疫沉淀-高通量测序(ChIP-seq)的方法。通过测定KS标本中KSHV病毒基因组组蛋白乙酰化(AcH3)及甲基化(H3K27me3)修饰及潜伏相关核抗原(LANA)基因组上的结合位点,建立了经典型KS标本中KSHV基因组的表观遗传图谱。实验结果表明经典型KS中转录抑制性H3K27me3修饰类似于细胞系的结果广泛分布于KSHV基因组上;而转录激活性的AcH3修饰表现出不同的模式,仅局限于基因组的潜伏基因座位。病毒干扰素调节因子3(vIRF3)编码区富集的H3K27me3修饰证实了vIRF3KS中沉默的状态,显著区别于PEL中的情形。LANA在病毒基因组末端重复序列(TR)的富集在KS组织样中也得到证实,但其在宿主基因组上的结合位点与细胞系中的结果显著不同。转录复制激活子(RTA)是控制KSHV生活周期的关键分子,RTA启动子区域富集有大量H3K27me3修饰,与之前在细胞系中的结果一致,但有趣的是,之前在细胞系中报道的TR区域AcH3的大量富集在KS组织样中并未观察到。在KS组织中建立的KSHV基因组表观遗传全景图为深入理解KSHV在宿主体内的潜伏感染机制提供了新的线索,并为将来基于靶向表观遗传新型治疗手段的研发奠定了重要的基础。  

  该研究得到了国家自然科学基金国际(地区)合作与交流(NSFC-NIH)项目、国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金重点项目及美国国立卫生研究院(NIHR01等项目的支持。美国宾夕法尼亚大学Erle Robertson教授为该研究的主要合作者。杭州师范大学医学院杨磊、谭晓华教授等为该研究提供了临床标本支持。 

    文章链接 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28118409

KSHV基因组的表观遗传修饰全景图。图中包含两例标本信息:1#为第一例;2#为第二例。红色为AcH3(上)和H3K27me3(下);蓝色为Input*vIRF区域;**:潜伏区。

vIRF及潜伏区表观遗传修饰放大图。红色为AcH3(上)和H3K27me3(下);蓝色为Input

2007 中国科学院上海巴斯德研究所 版权所有 
地址:上海市徐汇区岳阳路320号生命科学实验楼(近肇嘉浜路)
邮编:200031 电话:86-21-5492 3011 传真:86-21-5492 3044
电子邮件:ips@sibs.ac.cn
       
 
>