在中国，病毒性肝炎、肺病、脑炎和艾滋病是影响人们生活健康的主要疾病。上海巴斯德所 致力于诊断、疫苗和抗病毒等研究工作，为公共卫生机构制定全球战略来预防和控制这些疾病做出贡献。巴斯德曾经说过：没有基础研究和应用研究之分，只有二者互利而形成的一种研究。上海巴斯德所积极面对病毒发现的挑战，向合作者开放病毒组学研究平台，包括用于新生病毒鉴别和特征描述的基因组学、蛋白质组学和图象解析、血清诊断、抗病毒分子筛选和中和抗体分析：

1. 上海巴斯德所的研究人员与高校、医院和公共卫生中心建立了合作研究项目，共同努力为公共健康事业做出贡献。由于流行病通常是由野生宿主所引起的，因此上海巴斯德所与华东师范大学合作，对鸟类和蝙蝠中的人畜共同传染的病毒（禽流感、日本脑炎和狂犬病病毒）进行监控。我们的禽流感快速诊断技术已经可以在现场应用。将来一旦有禽流感爆发，这项技术可以投入使用。
2. 为中国南方不明来源儿童脑炎研究项目提供技术支持；
3. 通过提供培训和技术转让，深入开展与医院和公共卫生机构间的合作项目，加强医学能力建设；
4. 上海巴斯德所每年举办环境因素对新生传染性疾病的影响论坛，邀请国内外专家研讨预防和控制流行病的对策；
5. 研究致病性病毒需要严格的生物安全程序，上海巴斯德所非常重视对研究人员和学生的生物安全培训包括在在生物安全实验室的操作培训，使他们养成良好的实验室操作习惯。

　　感谢法国卫生部、法国外交部和一些基金会及机构的支持，上海巴斯德所已参与到传染性疾病检测与控制的国际合作中。