中国科学院上海巴斯德研究所设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士研究生培养点，细胞生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药5个专业二级学科硕士研究生培养点。
上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动热带病病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。
研究所已建立高水平的研究生培养体系，构筑学科特色鲜明、具有国际影响力的科教融合基地，为国家培养传染病基础和应用研究领域的高素质后备人才。
